Dal clima tipicamente mediterraneo, l’Isola di Pantelleria viene considerata ambiente di transizione fra le coste settentrionali dell’Africa e quelle meridionali della Sicilia. Tuttavia la presenza della Montagna Grande, con i suoi 836m, determina situazioni climatiche locali che si differenziano notevolmente dalle altre isole del Canale di Sicilia. L’influenza marittima naturalmente ha effetti sulla climatologia locale: l’inverno è abbastanza mite, con una temperatura media che oscilla tra i 9 ed i 14°C, mentre d'estate la temperatura in media è di 25°C, con infine una media annua di ca 18°C.

Caratteristica peculiare del clima pantesco è il vento presente sull’isola, in base alle statistiche, per ca. 337 giorni all’anno. Esso esercita un effetto disseccante soprattutto nella parte occidentale, ma il suo impatto con i rilievi determina anche la formazione di nebbie, soprattutto sulla cima della Montagna Grande, con effetto mitigante sul clima. I venti che spirano da Nord/Nord-Ovest sono quelli predominanti e determinano perturbazioni nella parte settentrionale, soprattutto in inverno. I venti da levante, invece, sono più frequenti in primavera, mentre quelli caldi da sud spirano spesso con notevole violenza determinando, soprattutto nel periodo primaverile, notevoli stress alla vegetazione. Infine è da menzionare il ghibli, vento del deserto, che saltuariamente raggiunge l’isola trasportando con se sabbie finissime.

Inutile parlare della pioggia, fenomeno ormai raro sull’isola, fra le più scarse d’Italia solo 350 mm annui.